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标题: 干货 | 最新植物研究数据库及生信工具大全（2021版）值得收藏 [打印本页]

作者: 植物科学最前沿 时间: 2021-8-24 16:04
标题: 干货 | 最新植物研究数据库及生信工具大全（2021版）值得收藏

基
因
组
ATHENA（拟南芥卵白，转录本表达图
谱）
athena.proteomics.wzw.tum.de
Metascape（基因或卵白质列表进行解释和富集平分析的在线工具）
http://metascape.org
Bioinformatics (作物基因组、遗传和育种研究的分析盘算工具和数据)
http://www.bioinfo.wsu.edu/
Phytozome (植物比较基因组学资源)
https://phytozome-next.jgi.doe.gov/
Planteome (集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台，可以搜索植物的器官结构、不同发育时期的信息)
http://www.plantontology.org
Gramene (用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台)
http://www.gramene.org/
PlantGDB (植物基因组序列数据库)
http://www.plantgdb.org/
PGSB (植物基因组数据库)
http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp
AthaMap (拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库)
http://www.athamap.de/
RiceGE (水稻功能基因组表达数据库)
http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE
NBRP-Rice (水稻遗传学和基因组学数据库)
https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/
IWGSC (小麦基因组信息数据库)
http://www.wheatgenome.org/
de.NBI (大麦基因组资源平台)
https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10::::::
JCVI （玉米基因组数据库)
http://maize.jcvi.org/
MaizeGDB (玉米基因组和遗传分析平台)
https://www.maizegdb.org/
Panzea (玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库）
https://www.panzea.org/
SoyBase （大豆基因组学和分子生物学数据库）
https://soybase.org/
CottonGen （棉花基因组学，遗传学和育种数据库）
https://www.cottongen.org/
Tomato Functional Genonmics （番茄功能基因组数据库）
http://ted.bti.cornell.edu/
TomatoNet （番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台）
https://www.inetbio.org/tomatonet/
SGN (茄科物种基因组测序数据库)
https://solgenomics.net/
TropgeneDB (管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库)
http://tropgenedb.cirad.fr/
Medicinal Plant (药用植物基因组和代谢组资源库）
http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml
SIFGD （谷子功能基因组学数据库）
http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/
WheatNet （面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库）
https://www.inetbio.org/wheatnet/
EasyGo （提供一系列待查基因的功能解释以及微阵列探针信息）
http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/
NGS & sRNA Tools {二代测序（NGS）数据库，包罗植物的RNA和基因组信息资源}
https://mpss.danforthcenter.org/index.php
蛋
白
类
ProteomicsDB （拟南芥卵白组学信息）
www.proteomicsdb.org
SMART （卵白质结构域鉴定、解释的在线分析工具）
http://smart.embl-heidelberg.de/
MPIC （植物线粒体卵白运输元件数据库）
https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/
FAT-PTM （用于分析卵白质和代谢途径的翻译后修饰数据库)
https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm
Plprot (拟南芥质体卵白数据库 )
http://www.plprot.ethz.ch/
Wheat Proteome (小麦卵白质组数据库)
https://wheatproteome.org/
UniProt (卵白质序列和功能信息资源数据库和分析平台)
https://www.uniprot.org/
MapMan (适用于多组学数据分析的卵白质分类和解释框架)
https://mapman.gabipd.org/mapman-download/
PPDB (拟南芥和玉米卵白质组数据库)
http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx
R
N
A
类
miRBase (生物microRNA数据库)
http://www.mirbase.org/
PMRD (植物microRNA数据库)
http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/
CSRDB (谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库)
http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/
PlantcircBase (植物Circular RNAs数据库)
http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/
PNRD (植物非编码RNA数据)
http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD
PLncDB (植物长链非编码RNA数据库)
http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB
Arabidopsis Root Cell Atlas (拟南芥根部单细胞RNA测序数据库)
http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/
pssRNAit (通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAi siRNA) http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/
突
变
体
库
T-DNA Express （拟南芥基因定位工具）
http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress
T-DNA Primer Design （拟南芥T-DNA突变体引物设计）
http://signal.salk.edu/tdnaprimers.2.html#opennewwindow
SIGnAL （拟南芥突变体库）
http://signal.salk.edu/
GABI-Kat {拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库}
https://www.gabi-kat.de/
RARGE （拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库）
http://rarge.gsc.riken.jp/
URGI （水稻T-DNA插入突变数据库）
http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/
Rice Tos17 Insertion Mutant （水稻逆转座子Tos17插入突变数据库）
https://tos.nias.affrc.go.jp/
RMD （水稻突变体数据库）
http://rmd.ncpgr.cn/
Arashare （国内突变体购买突变体库)
http://www.arashare.cn/index/
蛋
白
互
作
BioGRID （卵白质-卵白质互作）
www.thebiogrid.org
IntAct （卵白质-卵白质互作）
www.ebi.ac.uk/intact
Reactome （卵白质-卵白质互作）
www.reactome.org
SGD （卵白质-卵白质互作）
www.yeastgenome.org
STRING （卵白质-卵白质互作）
www.string-db.org
启
动
子
PlantCARE （植物顺式调控元件、增强子和克制子数据库）
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
PPDB （植物启动子数据库）
http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi
PlantPAN （ChIP-seq研究利器，一个全新的启动子分析网站）
http://PlantPAN.itps.ncku.edu.tw/
Promoter 2.0 Prediction Server （启动子猜测网站）
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
cNLS Mapper （核定位信号）
http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi
基
因
编
辑
CRISPR-GE （基因编辑工具包）
http://skl.scau.edu.cn/
Plant Genome Editing （植物基因编辑数据库，网络CRISPR / Cas9技能产生植物的信息）
http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi
CRISPR-P （用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包）
http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/
FED （基因组编辑外源成分检测平台）
http://www.hi-tom.net/FED
转
录
组
TraVA （基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库）
http://travadb.org/
ATRM （拟南芥转录调控图谱数据库）
http://atrm.cbi.pku.edu.cn/
GENEVESTIGATOR （转录组数据挖掘比对云平台）
https://genevestigator.com/
定
位
共
表
达
SUBA (拟南芥卵白的亚细胞定位数据库)
http://suba.live/
TargetP (亚细胞定位/N端功能肽猜测)
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
ACT (拟南芥共表达分析工具)
https://www.michalopoulos.net/act/
RiceFREND (水稻基因共表达数据库)
https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/
水
稻
数
据
库
Rapdbjp （粳稻日本晴基因组解释筹划）
http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
Rice Genome Annotation （粳稻日本晴基因组解释筹划）
http://rice.plantbiology.msu.edu/
REDB （水稻EST数据库）
http://redb.ncpgr.cn/
RICD （籼稻cDNA数据库）
http://server.ncgr.ac.cn/ricd/
OryGenesDB （用于水稻反向遗传学研究的交互式工具）
http://orygenesdb.cirad.fr/
发
育
相
关
SeedGenes Project （拟南芥发育关键基因数据库)
http://seedgenes.org/
PRGdb (植物抗病R基因数据库)
http://prgdb.org/prgdb/
MetacCrop (作物代谢途径数据库)
http://metacrop.ipk-gatersleben.de
The Plant Organelles Database (植物器官研究数据库)
http://podb.nibb.ac.jp/Organellome
DRASTIC (植物细胞的信号转导分析数据库）
http://www.drastic.org.uk
PathoPlant （植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库）
http://www.pathoplant.de
MetaCrop （农作物当中的生化途径及酶)
http://metacrop.ipk-gatersleben.de
序
列
分
子
HarvEST （作物EST序列及相关分子信息数据平台）
http://harvest.ucr.edu/
agriGO （GO分析工具包和数据库综合平台）
http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#
AraQTL { 基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库 }
http://www.bioinformatics.nl/AraQTL
PlantTFDB （植物转录因子数据库）
http://planttfdb.gao-lab.org/
EST （作物EST数据库）
https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1
PLACE （植物顺式调控DNA元件数据库）
https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace
PAMDB （植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站）
http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl
综
合
类
ExPASy （生物信息学研究数据库）
https://www.expasy.org/
AgBioData （农业生物数据库和相关资源综合平台）
https://www.agbiodata.org/
URGI （针对有农学意义的植物研究生物信息平台）
http://urgi.versailles.inra.fr/
ATTED-II （基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库）
http://atted.jp/
TRY （植物性状全球数据库)
https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php
ILDIS (国际豆科植物数据库和信息服务)
http://www.ildis.org/LegumeWeb/
GabiPD (马铃薯生物信息数据库)
http://gabipd.org/projects/Pomamo/
VitisGDB (葡萄育种和遗传信息综合数据库)
http://vitisgdb.ynau.edu.cn/
GenAlEx (群体遗传分析软件）
http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html
BAR （植物生物学分析工具平台）
http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm
Gcorn plant (基因同源与进化)
http://www.plant.osakafu-u.ac.jp/~kagiana/gcorn/p/
DSDecode (基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具)
http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/
STAG-CNS (一种可用于任意数目物种的顺序守旧非编码序列发现工具 )
https://github.com/srbehera11/stag-cns
GeneCloud (使用语义技能来扫描特定基因列表的基因形貌)
https://m2sb.org/
基
因
网
络
Cytoscape （生物网络的可视化工具）
www.cytoscape.org
NAViGaTOR （生物网络的可视化工具）
http://ophid.utoronto.ca/ophidv2.204/
Pathview { 支持多组学数据映射（基因/卵白-代谢）}
https://pathview.uncc.edu/
AraNet （拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库）
https://www.inetbio.org/aranet/
SCI
辅
写
工
具
AI写作助手（SCI写作辅助工具）
http://www.home-for-researchers.com
StyleWriter （SCI写作辅助工具，软件，需安装）
http://www.editorsoftware.com/StyleWriter.html
WhiteSmoke （SCI写作辅助工具）
http://www.whitesmoke.com
1Checker (易改) （SCI写作辅助工具）
http://www.1checker.com
ProWritingAid （SCI写作辅助工具）
https://prowritingaid.com/
WordHippo （SCI写作辅助工具）
http://www.wordhippo.com/
选
刊
神
器
Jane （猜测文章投稿网站）
http://jane.biosemantics.org/index.php
Journal Finder （选刊神器）
https://journalfinder.elsevier.com/
Journal Suggester （选刊神器）
https://journalsuggester.springer.com
journalGuide （选刊神器）
https://www.journalguide.com/
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